Με τον έλεγχο αυτόν αναλύουμε ελεύθερο εμβρυικό DNA (cell free DNA) που υπάρχει στην κυκλοφορία της μητέρας. Η ανάλυση αυτή μας δίνει ενδείξεις εάν το έμβρυο έχει χαμηλές ή υψηλές πιθανότητες για τρισωμία 21 (σύνδρομο Down), 18 (σύνδρομο Edwards) και 13 (σύνδρομο Patau).
Πιο ειδικά, αναγνωρίζει το 99% των εμβρύων με τρισωμία 21, το 97% με τρισωμία 18 και το 92% με τρισωμία 13.
Με την πρόοδο της μοριακής βιολογίας, ο αριθμός των χρωμοσωμικών ανωμαλιών και μικροελλειπτικών συνδρόμων που ανιχνεύονται με μη επεμβατικό έλεγχο αυξάνει συνεχώς, ωστόσο η χρήση τους στην κλινική πράξη γίνεται μόνο μετά από μεγάλο αριθμό μελετών ώστε να είμαστε σίγουροι για την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων που δίνουμε στους γονείς.